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一、细胞形态不同
1、细菌为很多圆球状或小杆状；
2、放线菌，单细胞，呈分枝丝状；
3、霉菌菌丝有隔，分生孢子；显微镜下青霉扫帚状排列的分生孢子小梗，曲霉膨大的分生孢子头（顶囊），分生孢子梗直立于菌丝独特厚壁的足细胞上。
4、酵母菌，是较细菌的单细胞个体明显大得多，形态有卵圆形、球形、腊肠形、柠檬形或藕节形。
二、细胞结构不同
1、细菌： 原核细胞 ，没有细胞核；
2、放线菌： 原核细胞 ，没有细胞核；
3、霉菌： 真核细胞，有细胞核；
4、酵母菌： 真核细胞，有细胞核、细胞壁、细胞膜、细胞质、液泡、线粒体等；
三、菌落特征（群体形态）不同
1、细菌菌落凝胶状、表面较光滑、湿润，与培养基结合不紧密，易挑取，正反颜色一致；
2、放线菌菌落固体培养基上呈辐射状生长，致密、坚硬、多皱、不易用针挑起，不透明。孢子成熟后，表面粉末状,干燥，常有土腥味；
3、霉菌菌落较大,由菌丝组成疏松的绒毛状、絮状或蜘蛛网状，有的无固定大小，延至整个培养基，产色素，菌落有颜色；
4、酵母菌菌落与细菌菌落相似，但比细菌大而厚，不透明，表面光滑、湿润、粘稠，易用针挑起，多呈乳白色；
四、繁殖方式不同
1、细菌：二分裂?方式；
2、放线菌：孢子生殖；
3、霉菌：孢子生殖；
4、酵母菌：无性繁殖：出芽繁殖；有性繁殖?，通过接合形成子囊及子囊孢子。
五、种属不同
1、细菌是原核生物；
2、放线菌属于原核生物；
3、霉菌都属于真菌；
4、酵母菌属于真菌。
参考资料：
百度百科——细菌
百度百科——放线菌
百度百科——霉菌
百度百科——酵母菌
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